Mons. Juan María Agurto Muñoz, osm, ha seguido el ejemplo de sus antecesores, teniendo una constante preocupación por renovar los espacios de nuestro colegio, de acuerdo a los requerimientos técnicos y a las demandantes sociales de este milenio.
Entre sus obras más emblemáticas podemos destacar los nuevos edificios para educación Básica y Media, comedores escolares, pabellones para las especialidades técnicas, patio techado para E. Media y el gimnasio “Justo Donoso”.
Gracias a su gestión y después de muchos años el Seminario volvió a tener su propia Capilla, bautizada como “Juan Pablo II”, sembrando en estas nuevas generaciones la fe en Jesucristo y haciendo de este un colegio con infraestructuras de calidad, permitiendo el desarrollo integral de los nuevos seminaristas.