El Seminario será el semillero donde se formen los nuevos cristianos y cristianas que la sociedad necesita para transformar el mundo.
Entre algunos de sus ex alumnos destacados podemos mencionar: Francisco Coloane (Premio Nacional de Literatura), Francisco Cavada Contreras (escritor y etnógrafo), Abraham Konig Velásquez (Ministro de Guerra y Marina, Diputado), José García Sierpe (Ministro (s) de Justicia, Diputado), Guillermo Ebel Beiler (Científico, Pedagogo), Adalis Oyarzún (Ministro de la Corte Suprema), entre muchos otros.
Las clases iniciaron con tan sólo doce alumnos, estando en la dirección el fraile José María Bonazzi. A fines del siglo XIX fue construido un amplio edificio a un costado de la Catedral de Ancud luego del siniestro que afectó a la construcción original. Así, el colegio alcanzó un destacado nivel intelectual y académico gracias a las nuevas instalaciones que contaban con una biblioteca universal, laboratorios de física, química, cosmología y una estación meteorológica.
Luego del terremoto de 1960 el edificio ya no se consideró seguro para la enseñanza. Gracias a los esfuerzos de Monseñor Alejandro Durán, el embajador de Brasil y las respectivas autoridades de la zona, un nuevo edificio fue construido al costado de la Iglesia San Francisco, en calle Federico Errázuriz.
El nuevo Seminario se adaptó a los cambios de la sociedad chilena acatando las modificaciones educacionales implementadas por los diferentes Gobiernos, optando así por un establecimiento de carácter mixto al lograr la integración de la mujer a las aulas.
En 1989 se incorporaron las carreras Técnico Profesionales, contando hoy en día con una amplia gama de especialidades como: Electricidad, Acuicultura, Gastronomía, Atención de Enfermería y Atención de Párvulos.
En la actualidad continua con la misión de preparar a los alumnos con las herramientas necesarias para avanzar hacia el progreso, sin perder nuestra identidad y patrimonio cultural.